Tout a commencé le long d'une bretelle de la voie antique, reliant AVARICUM (BOURGES) à AUGUSTONEMETUM (CLERMONT), qui a été édifiée: PAROCHIA DE MONASTERIO SUPER ALIGERIM. Cette bretelle allait au port de La Chaise sur l'Allier, venait de VERNEUIL et était très près de son confluent la SIOULE, près des Gayots. La voie romaine côtoyait la colline près de l'ALLIER où a été découvert des restes d'un temple sans doute dédié à BACCHUS (le Musée de MOULINS conserve ce qui a été exhumé du temple). Le port orthographié d'abord La Chièse où embarquaient les productions locales, les vins en particulier, a été creusé en 1413.
Le témoignage le plus ancien de l'habitat sur la commune est le donjon de Montcoquier qui date du XIème siècle.
Pendant cinq siècles, de 1353 à 1859 une famille de noble a porté le nom de notre village. Cette famille a été propriétaire des terres de La Grillière, elle avait le titre de Seigneur de MONESTAY.
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La première église (romane) de MONÉTAY, dédiée à Saint Martin, dépendait du diocèse de CLERMONT et du prieuré de SOUVIGNY. D'ailleurs Nicolas de NICOLAY précisait: "La cure de Monestay sur Alier de laquelle est curé Me Claude Moreau dict Triou, prebtre residant, est à la collaboration du prieur de Souvigny et nomination de l'evesque de Clermont et vaut 1 L". Elle était dotée d'un beau clocher à colonnes légères, qui comportait quatre cloches en 1789.
Elle fut vendue comme Bien National, elle servit de carrière et fut donc complètement détruite.
En 1842, les habitants appuyés par MEILHEURAT, député de MOULINS et propriétaire du château du Petit Bressolles, demandèrent et obtinrent le rétablissement de la paroisse.
Une petite église fut construite sans doute à l'emplacement de la première, c'est à dire à la sortie face à la croix du bourg. A la place de la bascule se trouvaient la mairie et l'école. C'est un monument très simple, édifié par les entrepreneurs locaux, sans intervention d'architecte.
Deux cloches occupaient la partie supérieure: la plus grosse Ester Augustine et la plus petite Henriette Louise.
A la fin du XIXème siècle elle fut démontée car elle a été mal bâtie. Ses fondations étaient insuffisantes sur un sol inadéquat et la mauvaise qualité de ses maçonneries lézardaient ses murs.